Je metoda molekulárně-cytogenetická, kdy k buňkám plodu speciálním postupem vpravujeme fluorescenčně značenou DNA (sondu) a pak můžeme pod speciálním ( fluorescenčním) mikroskopem sledovat počet signálů v jádře. Tímto způsobem stanovujeme odchylky od početní normy plodu M.Down (+21chromozom), Patau sy.(+13chromozom), Edwards sy.(+18 chromozom). Také je možno stanovit početní odchylky pohlavních chromozomů, neboť zdravý plod ženského pohlaví má 2 chromozomy X a mužský XY. Nejčastější pohlavní odchylky u děvčat jsou Turnerův sy. 45,X a u chlapců Klinefelterův sy. 47,XXY. Výhodou FISH metody je stanovení výsledku v krátkém časovém úseku 48.hodin.